Минфин уточнил, как можно нумеровать счета-фактуры

Письмо Минфина России от 12 января 2017 г. № 03-07-09/411

Не страшно, если ваш поставщик каждый месяц заново нумерует счета-фактуры. Не требуйте
заменить документы. Вы вправе заявить вычет и по таким документам. Так считают в Минфине
(письмо от 12 января 2017 г. № 03-07-09/411).

Компания не обязана начинать нумерацию счетов-фактур заново именно раз в год. Налоговый
кодекс этого не требует. Если компании удобно, она вправе нумеровать документы по-новому
с начала каждого месяца. И с вычетом проблем быть не должно. Подобная нестандартная
нумерация не мешает налоговикам идентифицировать продавца, покупателя, товар, его
стоимость, ставку и сумму налога (п. 2 ст. 169 НК РФ). Также у налоговиков точно не будет
вопросов к вашим вычетам, если поставщик добавляет к номеру счета-фактуры порядковый
номер месяца. Например, так: 01-12, 02-12, 01-01, 01-02 и т. д. Если нет, у вас тем более есть
право на вычет по НДС. Главное, чтобы номера счетов-фактур шли по порядку — 01, 02, 03 и т.
д. (подп. 1 п. 5 ст. 169 НК РФ). Если номера все перепутаны, лучше попросить поставщика
заменить такие документы. Это обезопасит компанию от лишних вопросов налоговиков на
проверке.